농지를 농업회사법인에 현물출자하는 경우 양도소득세 감면을 받을 수 있습니다. 이때 농지에 담보된 채무가 있어 이를 농업회사법인이 채무승계를 했다면 채무 부분은 세금(양도세)을 납부해야 합니다. 부동산 양도소득세 취소를 위한 조세불복은 부산 김해조세변호사 도움을 받으시기 바랍니다.

농업회사법인 농지 현물출자, 양도소득세 조세불복(조세심판청구)

– 납세자는 2015. 1. A 농지를 농업회사법인에 현물출자(자산평가액 50억원)한 후, A 농지의 담보채무 12억원을 제외한 순자산가액38억원에 해당하는 주식을 받음

– 납세자는 조세특례제한법 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) 규정에 따라 양도소득세 100% 세금감면 신고함

– 국세청은 조세특례제한법 제68조 제2항의 감면대상인 ‘현물출자로 발생하는 소득’을 양도소득금액에 양도가액에서 인수채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱해 산정한 가액으로 보아 납세자에게 양도소득세를 부과함

– 납세자 주장

(i) 조세특례제한법 제68조 제2항은 농업인이 농지를 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득은 양도소득세 100% 세금감면을 규정하고 있는데, 감면세액 산정시 현물출자함로 발생한 소득에 채무를 차감해 양도소득세를 계산한다는 규정이 없음

(ii) 국세청이 법규정과 달리 ‘현물출자로 발생하는 소득’을 ‘양도소득금액에 양도가액에서 인수채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱해 산정한 가액’으로 보아 양도소득세 감면세액을 산정한 것은 위법함

– 국세청 주장

(i) 농업회사법인 정관에 따르면 현물출자 가액은 A 농지 감정가액에서 담보채무 12억원를 차감한 순자산가치이므로 담보채무 12억원은 현물출자 가액으로 볼 수 없음 

(ii) 2019.12.31. 조세특례제한법 제68조 제2항이 채무상당액을 감면대상에서 제외하는 것으로 개정된 점을 감안하면 국세청이 양도소득세 면제세액을 양도가액에서 담보채무 12억원를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율로 계산해 양도소득세를 과세한 처분은 정당함

농지 현물출자 양도세 감면 조세심판청구(조세불복) 판단

– 세금(양도소득세) 취소

– 농업회사법인에 농지 현물출자하는 경우 법인이 인수한 채무가액도 양도세를 부과할 수 없음(부칙 규정에 따라 개정 세법이 적용되지 않음)

농업회사법인 농지 현물출자 양도소득세 세금감면 이유

구(舊) 조세특례제한법 제68조 제2항은 농업인이 농지를 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득은 양도소득세 100% 세금 감면한다고 규정하고 있을 뿐, 양도소득금액에서 채무에 해당하는 부분을 제외해 감면세금을 산정하는 것으로 규정하고 있지 않다.

2019.12.31. 조세특례제한법 제68조 제2항 개정으로 ‘현물출자로 발생하는 소득’에서 ‘현물출자와 관련해 농업회사법인이 인수한 채무가액에 상당하는 소득’은 제외하는 것으로 규정했다. 그러나 부칙에서 개정규정 적용시점을 2020.1.1.로 명확히 규정했으므로 2015.1.6. 현물출자가 이루어진 이 사건에는 위 개정규정을 적용할 수 없다.

국세청이 조세특례제한법 제68조 감면대상인 ‘현물출자함으로써 발생하는 소득’을 양도소득금액에 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱해 산정한 가액으로 보아 납세자에게 2015년 귀속 양도소득세를 경정‧고지한 처분은 위법하다[세금(양도세) 취소, 조세심판원 심판청구 2021중2045]”

농지 현물출자 양도소득세 세금감면받, 김해조세변호사

납세자가 농지를 농업회사법인에 현물출자하는 경우 농지에 담보된 채무를 법인이 인수했다면 채무상당액에 해당하는 양도소득은 양도세 감면을 하지 않습니다(조세특례제한법 제68조 제2항).

위 조세불복(조세심판청구) 사건은  법률이 개정되고 부칙에서 개정규정 적용시점을 법 시행이후로 명확히 규정하고 있어서 납세자에게 불리한 개정세법을 적용하지 않았습니다.

농업회사법인 농지 현물출자 양도소득세가 문제되고 있다면 부산 김해조세변호사 도움이 필요합니다.

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