세무조사, 과세자료 처리를 거쳐 납세자에게 세금이 부과되면 어떻게 다툴 수 있는 알아봅니다.

세금을 다투는 방법은 크게 2가지로 구분할 수 있습니다.
(i) 사전(前) 권리구제 절차인 과세전적부심사청구와 (ii) 사후(後) 권리구제 절차인 지방국세청 이의신청, 조세심판원 행정심판청구, 소송입니다.
과세전(前)적부심사(사전 권리구제 절차)
납세자는 국세청으로부터 (i) 과세예고통지서, (ii) 세무조사결과통지서를 송달 받은 날로부터 30일 이내에 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있습니다(국세기본법 제81조의15 제2항).
[과세전적부심사 제외 대상]
아래 경우에는 납세자가 과세예고통지서나 세무조사결과통지서를 받았더라도 과세전적부심사청구를 할 수 없습니다(국세기본법 제81조의15 제3항).
–조세범처벌법 위반에 따른 고발·통고처분
-세무조사결과통지일, 과세예고통지일로부터 세금 부과제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우
–조세불복청구, 과세전적부심사 결과 재조사 결정에 따른 조사인 경우
과세전적부심사 생략, 절차하자 세금취소
국세청이 세금을 부과할 수 있었는데 장기간 방치하다가 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 하는 경우가 있습니다. 납세자에게 과세전적부심사 기회를 주지 않았다면 절차하자를 이유로 세금이 취소됩니다.
아래 세금불복청구에서 조세심판원은 국세청이 양도소득세 부과제척기간 만료일을 앞두고 과세예고통지를 하여 납세자가 과세전적부심사청구를 하지 못했다면 절차위법이라고 판단했습니다[세금(양도세) 취소].
[세금불복 : 조세심판원 행정심판청구]
“납세자는 2000. 7. 창원시 소재 5층 건물을 취득하여, 2000. 8. 일반건축물에서 집합건축물(9호실)로 전환하여 사용하다, 2016. 10. 31. 건물을 일괄 양도했다.
납세자는 건물 중 지상 1층 101호는 근린생활시설로 부가가치세를 제외한 금액을 양도가액으로, 지상 2층 201〜402호는 장기주택임대건물로 양도소득세 100% 감면 대상으로 신고했다. 또한 지상 5층 501호는 납세자가 거주한 주택이라며 1세대 1주택 비과세 특례로, 지하 1층 B101호(쟁점부동산)는 공부상 근린생활시설이나 몇 년 간 건물노후화로 임대수요가 없어 주택 창고 용도로 활용했다면서 1세대 1주택 비과세 주택으로 포함하여 양도소득세(2016년 귀속)를 신고·납부했다.
국세청은 쟁점부동산(B101호)이 건축물대장상 근린생활시설로 등재되어 있고 부동산등기사항전부증명서에도 구분 등기된 사실을 확인하여 쟁점부동산 비과세 신고를 부인하고, 2022. 3. 25. 납세자에게 과세예고통지를 했다.
국세청은 2022. 4. 7. 국세부과제척기간 만료일(2022. 5. 31.)까지 기간이 3개월 이하라는 이유로 과세전적부심사 절차를 생략한 채 납세자에게 2016년 귀속 양도소득세를 부과했다(이 사건 처분). 납세자는 세금불복절차로 부산지방국세청 이의신청을 거쳐 조세심판청구를 제기했다. (중략)
국세청은 세무조사결과통지, 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사 대상에서 제외하므로 납세자가 과세전적부심사청구를 제기하지 못했더라도 세금은 적법하다고 주장한다.
그러나 이 사건 양도세 부과처분은 국세청이 정당한 이유 없이 장기간 부과처분권을 행사하지 않아 납세자에게 불이익을 초래한 절차상 중대한 하자가 있어 위법하다.
국세청은 2017. 2. 10. 건물 양도소득세 신고내역을 검토하여 쟁점부동산(지하1층 B01호) 비과세내역을 검토대상으로 선정했다. 그럼에도 불구하고 2022. 3. 25. 과세예고통지를 할 때까지 5년 1개월 동안 특별한 이유 없이 처리하지 않다가 국세부과제척기간 만료일에 임박하여, 2022. 4. 7. 별다른 조사·확인 없이 양도소득세 부과처분을 했다. 이로 인해 납세자는 사전적인 권리구제기회인 과세전적부심사청구를 제기할 수 없었다.
양도세 부과처분은 납세자 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없다[세금(양도세) 취소, 조세심판원청구 2022인천7220]”
사후(後) 권리구제 절차
납세자는 납부고지서를 수령한 후 90일 이내에 조세불복청구를 해야 합니다(기한엄수 必).
이의신청(부산, 대구, 광주지방국세청 등)은 임의적 절차이므로 곧바로 조세심판청구를 진행할 수 있습니다. 사안에 따라서는 이의신청 단계에서 세금이 취소될 수 있으므로 전문가(조세변호사, 회계사, 세무사) 도움을 받아 전략적으로 결정할 필요가 있습니다.
조세소송은 행정심판(국세청 심사청구, 감사원 심사청구, 조세심판원 심판청구 중 어느 하나)을 거쳐야 진행할 수 있습니다. 대부분 납세자가 조세심판원 행정심판청구를 경유하고 있으나, 쟁점에 따라서는 국세청 심사청구가 유리할 수도 있으므로 전문가 상담을 받아 보시기 바랍니다.