매입자발행세금계산서와 부가가치세 매입세액 공제

납세자가 부가가치세 매입세액 공제를 받으려면 거래상대방이 세금계산서를 발급해 주어야 합니다. 상대방이 세금계산서를 발급하지 않고 있다면 부가세 매입세액 공제를 위해 매입자발행세금계산서를 이용할 수 있습니다.

매입자발행세금계산서 조세불복청구(조세소송)

납세자, Y, C(납세자 등)은 2017. 7. 18. R, M과 서울에 있는 3필지 토지(B 토지) 및 이를 부지로 하는 지하 1층, 지상 5층 상가(A 건물)를 취득하되, 납세자 등이 B 토지의 각 1/3 지분에 관해, 납세자, Y가 A 건물의 각 1/2 지분에 관해 소유권이전등기를 마치기로 하는 내용의 계약(이 사건 계약)을 체결함

납세자 등은 2017. 7. 18. 이 사건 부동산을 사업장소재지로 하여 ‘업태: 부동산업, 종목: 건물 임대업(점포)’으로 하는 사업자등록을 마침

납세자 Y는 2017. 11. 7. A 건물의 각 1/2 지분에 관해 이 사건 계약을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마침

납세자 등은 이 사건 부동산을 취득하면서 A 건물의 기존 임차인들과의 임대차계약을 승계한 후 위 임차인들 또는 새로운 임차인들과 새로운 임대차계약을 체결함

납세자는 R, M으로부터 A 건물의 공급에 따른 세금계산서를 발급받지 못했음을 이유로, 피고(세무서장)에게 부가가치세법에 따라 매입자 발행 세금계산서를 위한 [거래사실 확인을 신청]함

R, M은 납세자 등에 대한 A 건물의 양도에 대해 부가가치세 신고·납부를 하지 않았음

세무서장은 납세자에게 ‘계약서를 검토한바 부동산임대업을 계속 유지하고 있으며 임차인 및 임차보증금 전액을 승계하여 포괄양수도 계약으로 판단되므로 세금계산서 발급의무가 없다’고 하면서 거래사실 확인이 불가하다는 통지를 함(이 사건 거부처분)

납세자는 법원에 조세소송(거래사실확인신청 거부처분 취소소송)을 제기함

납세자 주장 : (i) 이 사건 거래는 사업 포괄양수도가 아니라 단순히 부동산 매매계약에 따른 것이므로 재화 공급으로서 세금계산서 발급대상임, (ii) 매입자 발행 세금계산서를 위한 거래사실확인신청에 대한 관할 세무서장의 거부처분은 위법함

매입자발행세금계산서 부가세 매입세액공제 판단

납세자 승소(부가세 매입세액공제 가능)

매입자발행세금계산서 발급대상이므로 거래사실확인신청에 대한 거부처분은 위법함

매입자발행세금계산서 인정 이유

“R, M은 A 건물을 임대하면서 부동산 임대업을 했다. A 건물을 양도받은 납세자 등도 A 건물을 이용해 부동산 임대업을 하였다. R, M이 납세자 등에게 A 건물을 양도한 후 사업양도를 이유로 부동산 임대업 폐업신고를 한 사실이 인정된다.

그러나 다음과 같은 사정들에 비추어 보면 위 인정사실만으로는 납세자 등이 R, M로부터 부동산 임대업 등의 사업 포괄양수도(세금계산서 발급대상이 아님)받은 것이라고 인정하기 부족하다. 납세자 등은 매매계약에 따라 A 건물을 양도받은 것이다. 따라서 이 사건 거부처분은 이유 없다.

이 사건 계약은 일반적인 부동산매매계약과 마찬가지로 R, M이 납세자 등으로부터 부동산 매매대금을 받고, 잔금 지급과 동시에 납세자 등에게 부동산 소유권이전등기를 마치는 내용으로 이루어졌다. 공인중개사의 중개에 따라 일반적인 매매계약서 양식에 따른 부동산 매매계약서가 작성되었다. 계약 특약사항도 ‘현 시설 상태에서의 매매계약이며, 등기사항 증명서를 확인하고 계약을 체결함’, ‘본 특약사항에 기재되지 않은 사항은 민법상 계약에 관한 규정과 부동산매매 일반관례에 의한다’고 하는 등 이 사건 계약이 매매계약임을 전제로 하고 있다.

납세자 등과 R, M 사이에 이 사건 부동산을 양도하면서 R, M이 영위하던 부동산 임대업의 자산·부채 평가와 영업권 가치평가가 이루어졌고, 그에 따라 이 사건 계약에서의 대금이 결정되었다고 볼 만한 아무런 증거가 없다. 오히려 납세자 등이 R, M에게 이 사건 계약에 따른 대금에서 납세자 등이 승계한 임대차계약에 따른 임대차보증금을 공제한 나머지 금액을 잔금으로 지급했다. 위 사실에 비추어 보면, 이 사건 계약의 대금은 종래 R, M이 영위하던 임대사업을 고려하지 않은 채 부동산의 시가 평가만으로 결정된 것으로 보인다.

납세자 등이 R, M이 이 사건 부동산에 관해 체결한 임대차계약의 임대인 지위를 상당수 승계한 것으로 보이기는 하다. 그러나 임대인 지위 승계는 부동산의 양도인과 양수인 사이에 합의가 없더라도 민법 또는 상가건물 임대차보호법 및 주택임대차보호법에 따라 임차인의 신소유자에 대한 대항력이 인정됨으로써 이루어질 수 있다. 그러므로 이런 사정은 이 사건 계약의 성격을 판단함에 있어 결정적인 고려요소가 될 수 없다.

R, M은 ‘사업의 양도’를 원인으로 부동산 임대업 폐업신고를 하였다. 그러나 폐업신고 원인은 임의로 기재할 수 있는 항목에 불과하다. 뿐만 아니라 계약서 특약사항에 ‘매매대금은 부가세 포함된 금액임’이라고 기재되어 있다. 위 사실들에 비추어 보면 납세자 등과 R, M이 부동산 양도에 대해 부가가치세가 면제될 것을 의도하고 이 사건 계약을 체결한 것으로 보이지는 않는다[납세자 승소, 서울행정법원 2019구합60851 판결]”