주택 양도인이 다른 주택을 보유하지 않고 폐가・공가를 양도한 경우 폐가・공가가 주택으로 인정받아야 1세대 1주택 양도세 비과세 적용이 가능합니다.

반면 납세자가 양도한 주택(A)에 추가로 폐가・공가(B)를 소유하고 있어 폐가・공가(B)가 주택수로 포함되면 다주택자(A+B)가 될 수 있습니다(양도소득세 중과).
지방・시골 주택, 폐가
납세자가 주택(A) 양도 당시 지방에 사용하지 않는 주택(B)을 소유하는 경우가 있습니다. 지방주택(B)이 폐가가 아닌 주택으로 인정된다면 1세대 2주택자(A+B)가 되어 양도세 비과세 혜택을 받을 수 없습니다.
따라서 납세자(양도인)는 1세대 1주택을 적용받기 위해 폐가(ex. 창고용도로 사용)라는 사실을 적극적으로 주장 입증해야 합니다.
[세금불복사례, 국세청 심사청구]
“납세자는 1999. 12. 양산시 소재 단독주택(A)을 취득하여 2010. 4. 양도하고, 양도소득세 예정신고・납부를 했다.
처분청(세무서장)은 납세자 배우자가 지방주택(B)을 소유하고 있어 1세대 2주택자에 해당한다는 이유로 양도세를 부과했다. 납세자는 양도소득세 조세불복을 위해 부산지방국세청 이의신청을 거쳐 국세청 심사청구를 제기했다. (중략)
건물을 주택으로 보기 위해서는 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물로서 주거 기능을 갖춰야 한다. 다른 주택[ex. 지방주택(B)]이 공부상 주택으로 등재되어 있더라도 사람이 거주하기 어려운 폐가라면 주택으로 볼 수 없다.
지방주택(B)은 2006년 이후부터는 주거용으로 사용했다고 볼 수 없다. 현장사진을 보면 인근 주민이 양봉장과 창고로 사용하고 있어 주택 기능이 상실됐다. 처분청(세무서장)이 주택분 재산세 부과현황과 전기사용량이 있다는 이유로 거주 가능한 주택으로 본 것은 잘못이다.
따라서 처분청이 납세자가 단독주택(A)을 양도할 당시 지방주택(B)을 보유한 2주택자(A+B)로 보고 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하지 않은 처분은 위법하다[세금(양도세) 취소, 국세심사위원회–양도-2011-0197]”
공가, 주택수에 포함
건물이 폐가정도까지 이르지 않고 주택 기능을 보유하고 있어 수리하여 주거용으로 사용할 수 있다면 주택수 계산에 포함합니다.
아래 조세불복청구에서 행정법원은 재건축을 위해 철거 예정인 건물도 주택이라고 판단했습니다(다주택자 양도세 중과).
[세금불복청구 : 조세행정소송]
“납세자는 창원시 소재 주택(A)을 2019. 7. 지역주택조합에 양도했다. 납세자는 주택(A) 양도 당시 울산광역시 소재 다른 주택(B)을 소유하고 있어 1세대 2주택자 중과세율을 적용하여 양도소득세를 신고했다.
납세자는 창원시 소재 주택(A) 양도 당시 A 주택은 폐가 상태였으므로 토지 양도에 해당한다(다주택자가 아니다)고 주장하면서 양도세 경정청구를 하였다. 국세청은 주택 양도에 해당한다는 이유로 세금환급을 거부하였다. 납세자는 조세심판원 행정심판청구를 거쳐 소송을 제기하였다. (중략)
1세대가 (i) 주택과 (ii) 도시 및 주거환경정비법 관리처분계획 인가로 취득하는 조합원입주권을 함께 보유하다가 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 양도세 비과세를 적용하지 않는다(소득세법 제89조 제2항).
주거용으로서 잠재적 기능을 보유한 상태였던 것으로 보이는 도시 및 주거환경정비법에 의한 재건축으로 철거를 앞둔 아파트는 주택에 해당한다(소득세법 제89조 제1항 제3호).
또한 이미 주택이 철거되어 부동산에 관한 권리 형태로만 존재하는 조합원입주권과 다른 주택을 보유하고 있는 경우에도 양도소득세 비과세 규정을 적용하지 않는 점(소득세법 제89조 제1항 제4호)과 비교하더라도 주택이 철거 예정이라는 이유로 양도세 산정시 주택수에서 제외할 수 없다.
따라서 이 사건 주택(A)은 양도소득세 산정시 주택수에 포함한다[세금(양도세) 부과, 서울행정법원 2021구단58175 판결]”
폐가・공가, 1세대 1주택 양도소득세 비과세 조세불복
폐가・공가를 소유하고 있는 경우 납세자(양도인)가 처한 상황에 따라 주택으로 인정받는 것이 유리할 수도 그렇지 않을 수도 있습니다.
양도소득세 과세전적부심사, 조세불복(이의신청, 조세심판청구, 행정소송)은 사실관계뿐만 아니라 법리 다툼도 복잡하므로 전문가(세무사, 세금변호사) 도움이 필요합니다.