동일한 과세기간을 대상으로 하는 중복세무조사(재조사)는 예외적인 경우에만 인정합니다. 재조사(중복세무조사) 사유가 없음에도 세무조사가 진행되어 세금이 부과되었다면 조세불복청구(과세전적부심사청구, 조세심판청구, 조세소송)로 다툴 수 있습니다.
중복세무조사·재조사 조세불복청구(조세소송)
- 납세자(법인)는 인천공장에서 소다회를 생산하면서 발생한 폐석회를 침전지에 적치해 오던 중 2003. 12. 인천광역시, 인천광역시 남구, 시민위원회와 폐석회를 침전지에서 수거해 인천공장 내 유수지에 매립하고 유수지를 유원지로 조성하는 공사(폐석회처리공사)를 시행하는 내용의 폐석회 처리 협약을 체결함(이 사건 협약)
- 납세자는 2007 사업연도 법인세 신고시 폐석회처리공사 비용을 손금 처리함(법인세 감소)
- 납세자는 2008. 5. 사업부문을 물적분할해 주식회사 D를 설립했는데, D 역시 2008 ~ 2012 사업연도에 위와 같은 폐석회처리공사 비용을 지출함
- 납세자는 2010 사업연도부터 D를 연결자회사로 한 연결납세방식으로 법인세를 신고하면서 D가 지출한 폐석회처리공사 비용을 손금 처리함(법인세 감소)
- 국세청은 2009. 4. ~ 2009. 6. 납세자에 대한 2004 ~ 2008 사업연도 법인사업자통합조사(2009년 세무조사)를 실시함
- 위 세무조사 당시 납세자가 작성한 ‘국세청 요구자료 현황’에는 ‘인천공장 폐석회 매립공사 공사도급계약서’, ‘폐석회처리비용 토지 자본적 지출 해당 여부 검토서와 요약서’, ‘폐석회 매립 진행경과 내용 관련 서류’ 등이 제출된 것으로 기재되어 있음
- 국세청은 2009. 6. 납세자에게 2004 ~ 2008 사업연도 법인세 항목 등이 적출된 2009년 세무조사 결과 통지함(폐석회처리공사 비용 손금 처리는 별다른 조치를 하지 않음)
- 이후 국세청은 2013. 3. 납세자 2009 ~ 2010 사업연도 법인사업자통합조사(2013년 세무조사)를 개시함
- 국세청은 납세자에게 세무조사범위를 ‘2007, 2008 사업연도 복구손실충당금 사용금액의 자산화 대상 여부’까지 포함하는 조사범위확대통지를 함
- 국세청은 2013년 세무조사 결과에 기초해 폐석회처리공사 비용을 토지 자본적 지출로 보고, 폐석회처리공사 비용 손금산입을 부인함(법인세 과세처분)
- 납세자는 법인세 취소를 위한 조세불복청구로 조세심판청구를 거쳐 조세소송을 제기함
중복세무조사·재조사 조세불복청구(조세소송) 판단
- 세금(법인세) 부과
- 중복세무조사(재조사)가 허용되는 예외적인 경우임
2개 이상 과세기간 오류로 중복세무조사·재조사가 적법한 이유
[토지 자본적 지출 판단]
“토지 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 들어간 비용인 자본적 지출은 그 지출이 이루어진 사업연도 비용으로 하지 않고 취득원가에 합쳐서 감가상각 대상이 될 뿐이다.
폐석회처리공사는 택지 조성 등 토지 가치를 현실적으로 증가시키는 것이다. 따라서 그 비용은 공장 부지에 대한 자본적 지출액이다(대법원 2017두50492 판결)”
[위법한 중복세무조사 여부]
“2013년 세무조사 중 2007 사업연도 법인세 부분은 국세기본법에서 정한 재조사 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우’이므로 적법한 세무조사이다. 구체적 이유는 아래와 같다.
납세자와 D가 2007 ~ 2012 사업연도에 폐석회처리공사 비용을 지출한 것은 이 사건 협약에 기초한 것이다. 협약에 따라 폐석회처리공사 예상비용이 복구손실충당금으로 설정되고 복구손실충당부채로 회계처리되었다. 그러나 복구손실충당부채는 원래 자산 취득가액에 포함할 수 없는 것이다. 납세자는 폐석회처리공사 비용을 매 사업연도에 모두 동일한 방식으로 손금 처리했다. 위 사실들에 비추어 볼 때 납세자는 이 사건 협약 무렵 이미 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하기로 예정한 것으로 보인다.
따라서 이 사건 협약과 당초부터 납세자가 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하기로 예정했던 것은 그에 따른 후속조치, 즉 복구손실충당금의 설정 및 매 사업연도 폐석회처리공사 비용 지출과 함께 하나의 행위가 되어 부당 손금 처리의 원인이 되었다.
나아가 서울지방국세청은 2009년 세무조사 이후 이루어진 이 사건 협약 관련 유수지 매립 1단계 공사 완료를 인지하고, 인천공장 부지에 대한 감정평가서 등 폐석회처리공사 비용이 토지 자본적 지출이라고 볼 만한 구체적인 자료를 확보해 2013년 세무조사 중 2007 사업연도에 대한 조사를 개시했다[세금(법인세) 부과, 대법원 2017두50492 판결]”
중복세무조사(재조사) 조세불복청구
하나의 행위가 원인(e.g. 회사가 부당 손금 처리의 원인이 되는 회계처리를 결정함)이 되어 같은 잘못이 2개 이상 과세기간에 걸쳐 발생했다면 재조사(중복세무조사) 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우’에 해당합니다.
반면 다른 과세기간에 발견된 것과 같은 종류 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 중복세무조사(재조사) 예외적인 허용사유가 아닙니다.
동일과세기간을 대상으로 중복세무조사가 이루어지고 있다면 예외적 허용사유가 있는지 확인해 보시기 바랍니다. 위법한 중복세무조사·재조사 절차하자를 주장하는 조세불복청구(조세심판청구, 조세소송)은 국세청 출신 조세변호사·세무사 도움이 필요합니다.
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