조합원입주권, 분양권을 보유하는 중에 아파트 공사가 완료될 때까지 거주할 주택을 소유하는 경우가 있습니다.

이때 납세자가 일정 요건을 충족하면 부동산(종전주택, 대체주택) 양도시 1세대 1주택 양도소득세 비과세 적용이 가능합니다.
주택보유 중 조합원입주권 취득
1주택(종전주택) 취득 후 1년이 지난 후 조합원입주권을 취득하여 일시적 1세대 2주택자(종전주택 + 조합원입주권)가 된 경우 조합원입주권 취득일부터 [3년 이내] 종전주택을 양도하면 1세대 1주택으로 보고 양도세 비과세 요건을 적용합니다(소득세법 시행령 제156조의2 제3항).
종전주택 양도시기를 늦출 수 있는 경우
1주택(종전주택) 취득 후 1년이 지나 조합원입주권을 취득하고, 조합원입주권 취득일부터 [3년이 지나] 종전주택을 양도하는 경우에는 아래 요건을 갖추면 양도소득세를 비과세합니다(소득세법 시행령 제156조의2 제4항).
(i) 실거주요건 : 조합원입주권 주택 완성 후 3년 내 세대전원 이사 & 1년 이상 계속 거주
(ii) 종전주택 양도 : 조합원입주권 주택 완성 전 또는 완성 후 3년 이내 종전주택 양도
아파트 공사 중 대체주택 취득 양도
1주택을 보유한 1세대가 아파트 재건축사업 기간 중에 거주할 대체주택을 취득한 경우 아래 요건을 모두 갖춘 후 대체주택을 양도하면 1세대 1주택 비과세 특례를 적용합니다(소득세법 시행령 제156조의2 제5항).
[대체주택 양도세 비과세 요건]
(i) 대체주택 취득 요건 : 사업시행 인가일 이후 대체주택 취득 & 1년 이상 거주
(ii) 실거주 요건 : 신규주택 완성 후 3년 이내 세대원 전원 이사 & 1년 이상 거주
(iii) 대체주택 양도 요건 : 신규주택 완성 전 또는 완성 후 3년 이내 대체주택 양도
아래 조세불복청구에서 법원은 대체주택 취득 후 현금청산을 이유로 조합원입주권을 양도하는 경우에 대체주택 취득일로부터 3년 이내 입주권을 양도해야 비과세(1세대 일시적 2주택)가 적용된다고 판단했습니다[세금(양도세) 부과].
[세금불복청구 : 조세행정소송]
“납세자는 부산광역시 수영구 소재 A주택을 매수하여 1984. 12. 소유권이전등기를 마쳤다.
A주택을 포함한 일대가 2013. 4.주택재개발정비사업으로 사업시행인가 고시가 되었다. 배우자가 2013. 11. 21. 대체주택(B)을 취득하여 1세대 2주택이 되었다.
주택재개발정비사업은 2017. 3. 2. 관리처분계획인가 고시를 마쳤고, 납세자는 조합과 현금청산 협의가 이뤄지지 않자 2016. 6. 21.자 내용증명우편으로 조합에 수용재결을 신청해달라고 요청하였다.
2017. 5. 26. 수용재결(수용 개시일: 2017. 7. 14.)이 되어 2017. 7. 25. 재개발정비사업조합 명의로 A주택에 관한 소유권이전등기를 넘겼다. 이후 납세자가 수용재결에 불복하여 이의신청을 하였으나, 2018. 2. 기각되었다.
2017. 7. 납세자는 1세대 2주택으로 계산하여 양도소득세를 납부하였다.
납세자는 A주택 양도가 1세대 1주택 비과세에 해당한다며 2019. 2. 양도소득세를 환급해달라는 경정청구를 하였다. 국세청은 양도세 비과세요건에 해당하지 않는다는 이유로 세금환급을 거부하였다. 납세자는 부산지방국세청 이의신청과 조세심판원 행정심판청구를 거쳐 소송을 제기하였다. (중략)
납세자는 2017. 3. 2. 관리처분계획인가 고시에 따라 아파트 조합원입주권을 보유하게 되었으므로 1세대 1주택 양도세 비과세 혜택을 받으려면 소득세법 제89조 제1항 제4호 요건을 구비해야 한다.
대체주택(B)을 취득한 날부터 3년 이내인 2016. 11. 21.경까지 조합원입주권을 양도하지 않았고, 그 3년이 되는 날 현재 소송절차가 진행 중인 경우도 아니다.
조세법률주의 원칙상 조세법규 해석은 문언대로 해석하고, 특혜규정(감면요건)은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평원칙에 부합한다.
이 사건의 경우 적용 가능한 비과세 규정은 일시적 1세대 2주택 특례이다(소득세법 제89조 제1항 제4호 나목). 재개발조합 사정으로 사업이 지연됐더라도 대체주택을 취득한 날부터 3년 이내에 내용증명우편을 보낸 것만으로는 납세자가 사업시행자를 상대로 현금청산금 지급을 구하는 소송절차가 진행 중인 경우라고 보기 어렵다(소득세법 시행령 제155조 제18항 제4호).
따라서 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 부인한 처분은 적법하다[세금(양도세) 부과, 의정부지방법원 2020구단6233 판결]”
분양권, 주택 양도세 비과세
분양권은 세법이 개정되어 2021. 1. 1. 이후 취득부터 주택수 계산시 포함합니다. 분양권 보유시 종전주택 비과세 요건은 위 조합원입주권과 동일합니다.
[3년 이내 종전주택 양도]
1주택(종전주택)을 보유하던 중 아파트 분양권을 취득하여 일시적 1주택과 1분양권(2주택자)을 소유하는 경우 (i) 종전주택 취득일부터 1년 지나 분양권을 취득하고 (ii) 분양권 취득일부터 3년 내 종전주택을 양도하면 1세대 1주택 양도세 비과세가 적용됩니다(소득세법 시행령 제156조의3 제2항).
[3년 이후 종전주택 양도]
1주택(종전주택) 취득일부터 1년 지나 분양권을 취득하고 분양권 취득일부터 3년이 지나 종전주택을 양도하는 경우라도 아래 요건을 모두 충족하면 양도소득세를 비과세합니다(소득세법 시행령 제156조의3 제3항).
(i) 실거주요건 : 분양권 주택 완성 후 3년 내 세대전원 이사 & 1년 이상 계속 거주
(ii) 종전주택 양도 : 분양권 주택 완성 전 또는 완성 후 3년 이내 종전주택 양도
1세대 1주택 양도세 비과세, 절세방법
조합원입주권, 분양권을 보유하던 중 종전아파트, 대체주택을 양도하는 경우 일정한 요건을 충족하면 양도세를 줄일 수 있습니다.
1세대 1주택 비과세 적용여부에 따라 세금이 수억원 차이가 나므로 부동산 양도 전(前)에 전문가(조세변호사, 공인회계사, 세무사)를 찾아 절세방법을 상담받기 바랍니다.
양도소득세 다툼은 과세전적부심사, 조세불복(이의신청, 국세청 심사청구, 조세심판청구, 행정소송)으로 해결해야 합니다.