교회 부동산 양도시 양도소득세 대신 법인세 납부를 선택하고 3년 고유목적사업 사용이 인정되면 세금 한 푼도 안내는 절세방법이 있습니다.
교회 부동산 양도소득세·법인세 조세불복
- 납세자(교회)는 2007. 3. 25. 재단법인 대한기독교 A유지재단으로부터 토지와 건물(부동산)을 증여받아 2007. 5. 25 소유권이전등기를 마친 후 예배당으로 사용함
- 납세자(교회)는 2010. 5. 4. 하나님의 교회 C협회에게 부동산을 양도하는 계약을 체결한 후 2010. 5. 25. 잔금을 수령하고 2010. 6. 4. 소유권이전등기를 경료함
- 납세자(교회)는 2010. 6. 1. 세무서에 ‘법인으로 보는 단체 승인신청서’를 제출하여 2010. 6. 24. 세무서장으로부터 ‘법인(수익사업을 하지 않는 비영리법인)으로 보는 단체’ 승인을 받음
- 납세자는 2010. 7. 29. 세무서장에게 2010년 귀속 양도소득세를 예정신고했으나 세금은 납부하지 않았고, 납세자의 대표자 D 주소지 관할세무서장은 2011. 2. 10. 납세자(교회)에게 양도소득세를 결정・고지함
- 납세자는 국세기본법 ‘법인으로 보는 단체’로서 비영리법인이므로 양도소득세 납세의무가 없다고 주장하면서 2011. 7. 20. 양도소득세 경정청구를 함
- 국세청은 납세자가 부동산 양도 이후인 2010. 6. 24. ‘법인으로 보는 단체’ 승인을 받았기 때문에 부동산 양도 당시에는 ‘법인으로 보는 단체’가 아니라는 이유로 양도세 경정청구를 거부함
교회 부동산 양도소득세 조세소송(조세불복) 판단
- 세금(양도소득세) 취소
- 부동산 양도차익을 ‘법인으로 보는 단체’에게 귀속시켜 3년이상 고유목적사업에 직접사용하여 세금(양도세와 법인세) 납세의무가 없음
교회 부동산 세금(양도소득세, 법인세) 비과세 이유
“법인세법 시행령에 의하면 ‘법인으로 보는 단체’의 최초사업연도 개시일은 납세지 관할세무서장 승인일이다. 납세자의 최초사업연도 개시일은 2010. 6. 24.인 것이 원칙이다. 그런데 법인세법 시행령은 최초사업 연도 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈 우려가 없을 때에는 최초 사업연도 기간이 1년을 초과하지 않는 범위 내에서 이를 법인 최초사업연도 손익에 산입할 수 있고, 이 경우 최초사업연도 개시일은 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다고 규정하고 있다.
위 ‘최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익’에 교회 부동산 양도로 인한 손익을 포함시킬 경우 납세자의 최초사업연도 개시일은 부동산 양도일인 2010. 5. 25.이 되므로 부동산 양도이익은 소득세법이 아닌 법인세법이 적용된다(양도소득세가 아닌 법인세 과세대상).
(중략)
납세자는 2007년경 최초 사업자등록신청을 할 당시에도 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받기 위한 실질적 요건을 모두 갖추고 있었으므로 소득세와 법인세 중 어떤 과세체계 적용을 받을 것인지 선택권이 있었다. 그러나 최초 사업자등록 당시 세법 지식이 부족한 납세자 대표자 D는 이런 사실을 알지 못한 채 세무서 담당공무원 행정지도에 따라 개인으로 사업자등록 신청을 했다. 납세자는 부동산 매매계약 잔금지급일로부터 불과 7일이 경과한 시점이자 반대급부로서 소유권이전등기도 경료하기 전인 2010. 6. 1. 세무서에 ‘법인으로 보는 단체 승인신청서’를 제출했다.
이에 따라 부동산 양도일로부터 불과 약 1개월이 지난 때에 ‘법인으로 보는 단체’ 승인이 있었다. 납세자가 이런 조세부담 차이를 미리 알았더라면 부동산 매매 시기를 조절하거나 잔금청산일을 미룸으로써 얼마든지 ‘법인으로 보는 단체’ 승인일 후에 부동산을 양도할 수 있었다.
납세자는 계속 재단법인 대한기독교A 유지재단에 속한 채로 선교비, 장학금 지원 등 교회로서의 사회활동을 하는 등 법인으로 보는 단체 승인 전후로 실체에 아무런 변화가 없다. 납세자가 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내인 2010. 7. 29. 양도소득세 예정신고를 하기는 하였으나 그 이전인 2010. 6. 24. 법인으로 보는 단체’ 승인이 있었으므로 납세자는 양도소득세 예정신고를 할 당시에 이미 법인세법 적용을 구할 수 있었다.
그런데 부동산 양도소득에 종전대로 소득세법이 적용되는지 법인세법이 적용되는지를 알 수 없었던 납세자가 양도세 예정신고 혜택을 받지 못하게 되는 불이익을 방지하기 위해 일단 양도소득세 예정신고를 하고 납부는 하지 않았던 것으로 보인다.
위 사실들을 고려해보면 납세자에게도 법인세법을 적용해 부동산 양도로 인한 손익을 법인 손익에 귀속시킬 수 있다. (중략)
납세의무 성립이란 과세요건이 모두 구비되어 조세를 부과할 수 있는 상태에 이른 것을 말한다. 납세자 신고 또는 국세청 납부고지서로 납세의무가 확정되면 조세채권은 자력집행력을 가지게 되는 것인데, 납세의무가 성립・확정되었다고 하여 불가쟁력・불가변력을 가지는 것은 아니고 납세의무가 성립・확정된 이후에도 납세자는 올바른 법적용을 구하며 경정청구나 조세소송을 제기할 수 있다. 따라서 납세자의 양도소득세 납세의무가 이미 성립 확정되었더라도 납세자는 소득세법이 아닌 법인세법 적용을 주장하며 그 법적용과 세금을 다툴 수 있다. (중략)
납세자는 당초부터 ‘법인 아닌 단체’의 실질을 가지고 있었으므로 소득세와 법인세 중 어떤 과세체계 적용을 받을 것인지 선택권이 있었다. 담당공무원의 올바른 행정지도가 있었다면 납세자는 2007.경 최초 사업자등록 당시부터 ‘법인으로 보는 단체’ 승인을 받을 수 있었다. 납세자가 처음부터 ‘법인으로 보는 단체’ 승인을 받았더라면 당연히 법인세법이 적용되어 양도소득세 납세의무가 없었을 것이다.
‘법인으로 보는 단체’ 승인을 받기 전후 납세자 실체가 동일한 점 등을 고려하면, 부동산 양도로 인한 손익을 법인에 귀속시키는 결과 양도소득세가 면제되더라도 조세포탈 우려는 없다.
납세자 정관에 따르면 회계연도는 매년 1. 1.부터 12. 3l.까지이므로, 최초사업연도인 2010 사업연도는 원칙적으로 2010. 6. 24.부터 2010. 12. 3l.까지이다. 따라서 법인에 귀속시킨 손익이 최초 발생한 양도일인 2010. 5. 25.을 최초사업연도 개시일로 보더라도 그 기간이 1년을 초과하지 않는다.
이와 같이 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익이 법인세법 시행령 요건을 모두 충족하므로, 부동산 양도로 인한 손익은 ‘법인으로 보는 단체’인 납세자의 최초 사업연도 손익에 산입되어 법인세법이 적용되고, 납세자는 양도소득세 납세의무가 없다.
법인세법에 따르면 비영리내국법인이 소유하고 있던 고정자산(e.g. 예배당 건물 등 부동산)을 처분하는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산 처분으로 생기는 수입은 비영리내국법인 과세소득 범위에서 제외한다.
납세자 정관 기재에 의하면 고유목적사업은 복음 전도, 교회당 건축, 기독교 교육, 자선사업, 유아원・탁아소・유치원 운영, 의료 선교 및 위 사업을 수행하기 위한 기타 부대사업이다. 납세자가 2007. 3. 25. 부동산을 증여받은 후 2010. 5. 25. 양도할 때까지 3년 이상 계속 예배당과 교회 건물로 직접 사용하여 온 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그러므로 부동산 처분 수입은 법인세 과세소득 범위에서 제외하고, 납세자는 ‘법인으로 보는 단체’로서의 법인세 납세의무도 없다[세금(양도세) 환급, 서울고등법원 2012누24025 판결, 대법원 2013두19479 판결]”
교회 부동산(예배당 건물) 세금(양도소득세, 법인세) 절세방법
교회가 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 후 부동산(교회 예배당 등 건물)을 양도한다면 세금(양도소득세, 법인세)을 절세할 수 있습니다. 법인으로 보는 단체 승인, 사업연도 개시 전 발생한 양도소득에 대한 경정청구 등 교회 세금 문제는 조세전문변호사 상담이 필요합니다.
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